Cuenta la leyenda que por el año 1940, en Córdoba, un pobre cardador de lanas, llamado Gonzalo García, tenía a su mujer enferma y a su hija loca, y él solo vivía para cuidarlas y alimentarlas. Gonzalo, una tarde calurosa de verano, se sentía tan desesperado por la necesidad que se dispuso a caminar sin rumbo aparente. Cuando caminaba por la orilla del río cogiendo moras de las zarzas notó que se acercaban dos bellas mujeres y un apuesto joven. Una de ellas se le acercó y le dijo: "Gonzalo, toma agua de aquella fuente que está bajo los árboles y dásela a tu mujer y a tu hija para que la beban, y sanarán de sus enfermedades”. El hombre sorprendido, pero con el corazón lleno de esperanza, creyó que aquellas mujeres eran la Virgen María y los patronos de córdoba (San Acisclo y Santa Victoria) y fue en ese mismo instante en que el apuesto joven le dijo: “Haz lo que te dice la Madre de Jesús, que mi hermana Victoria y yo somos los patronos de esta ciudad”. Gonzalo que sentía la necesidad de cumplir lo que le habían pedido. Retiró la mirada para buscar un poco de agua y al volver la mirada a donde estaban los mensajeros estos y se había marchado. Buscó por todos sitios hasta localizar agua al pie de una higuera. Corrió a buscar una vasija y con ella llena de agua se dirigió a su casa. Cuando llego a su casa le conto a las mujeres lo que le había ocurrido mientras paseaba y les pidió que bebieran de esa agua. Al poco tiempo las mujeres se habían sanado y también todos los que bebían de esa fuente, fuente a la que llamaron “Fuensanta”.
Muchos años pasaron cuando un ermitaño que estaba al borde de la muerte recordó la leyenda de Gonzalo. Entonces fue a la Fuensanta y bebió el agua. No se lo creía, pero él también se curó. En ese momento le pidió a Dios que le dijera por qué aquella agua lo había curado, pero no obtuvo respuesta. Tiempo posterior, el día 8 de septiembre oyó una voz que le decía que en el interior del tronco de la higuera que había a los pies de la fuente estaba encerrada la imagen de la virgen, imagen que habían puesto allí antiguos cristianos, y que el árbol la había cubierto con su madera para ocultarla de los moros. El ermitaño corrió, sorprendido por lo que había escuchado, a contar lo que había escuchado al Obispo. Éste, al escuchar la historia, hizo cortar la higuera y allí apareció la imagen de la Virgen. La imagen se trasladó a la Catedral hasta que se construyó el Santuario, al que fue devuelto para su adoración.
Años después, en 1450 construyeron la iglesia en la llamada “Huerta de Albacete” disponiendo el cabildo que se hiciese un brocal al pozo para que allí se recogiese el agua de la fuente. En 1455 la reina Doña María, esposa del rey Don Alonso de Aragón, acudió al Santuario para curarse de su enfermedad. Curada de su enfermedad, donó la cantidad de oro y joyas que eran necesarias para la construcción de una hospedería u hospital para los pobres y unas habitaciones para el capellán, lo que incrementó aún más la devoción y por lo que el Obispo de Córdoba acordó labrar un humilladero sobre la fuente.
Hay constancia que la construcción del Santuario acabó en 1494. Con el tiempo el santuario ha sufrido numerosas intervenciones debido en gran parte a su situación junto al río, por las consecuentes inundaciones, que lo han afectado gravemente en muchas ocasiones.