Los orígenes del Santuario de Ntra. Sra. de la Fuensanta se remontan a 1442, cuando según la tradición, un caluroso atardecer del ocho de Septiembre, fiesta de la Natividad de la bienaventurada Virgen María, un pobre cardador del barrio de San Lorenzo, Gonzalo García, muy devoto de la Virgen, que cuidaba de su esposa paralítica y de su hija demente, desesperado por su situación familiar y pobreza, salió a caminar fuera de las murallas de la ciudad para desahogar su amargura. Deambulando sin rumbo fijo fue a parar al Arroyo de las Piedras. Allí se le aparecieron dos bellas jóvenes y un apuesto mozo. La más hermosa de ellas se le acercó y le dijo: “Gonzalo, toma agua de aquella fuente que está bajo los árboles y dásela a tu mujer y a tu hija para que la beban, y sanarán de sus enfermedades”. Sobrecogido, pero lleno de esperanza, escuchó entonces la voz del joven que le decía: “Haz lo que te dice la Madre de Jesús, que mi hermana Victoria y yo, que somos los patronos de esta ciudad, lo hemos alcanzado de la Virgen Santísima”. Inmediatamente descubrió una fuente que brotaba de las raíces de una higuera silvestre o cabrahígo. Cuando, tras arrodillarse, volvió sus ojos hacia la Virgen, los celestiales visitantes habían desaparecido.
Compró una jarra en una alfarería de la cercana Puerta de Baeza, dándole de beber el agua a su mujer e hija, que al poco quedaron curadas. La noticia se difundió inmediatamente por la ciudad y fuera de ella, y multitud de enfermos acudieron desde entonces a beberla, sucediéndose las curaciones.
Unos años después, en 1448, otro 8 de septiembre, a un ermitaño de la Albaida, curado de una grave hidropesía tras beber del “agua milagrosa”, le fue revelado, cuando oraba preguntándose por la causa de su poder curativo, que en el troco del cabrahígo se encontraba una imagen de la Virgen que ante la invasión musulmana de 711 “un devoto cristiano encerró dentro por un cóncavo que tenía, el cual cerró la naturaleza (…). Por lo cual obran Dios y la Virgen sus maravillas con este agua, que mana de entre sus raíces, y te lo he dicho y revelado, para que vayas al prelado, y des cuenta de lo que te digo”.
Comunicada la revelación a Don Sancho de Rojas, obispo de Córdoba, éste hizo cortar y abrir el tronco del árbol, en medio de una gran expectación, apareciendo en su interior una imagen de la Virgen. Su mal estado de conservación hizo que tras recibir culto en el sagrario de la Catedral, fuera entregada a Gonzalo García quien la depositó en un beaterio de la Magdalena. En 1481, en su testamento, que se conserva en el Archivo Histórico Provincial, su viuda encomendaba a su nieta Isabel Rodríguez “que cuide las reliquias que yo tengo que parescieron en la dicha Fuente Santa al dicho Gonzalo García mi marido”.
Por esta razón, el Cabildo-Catedral encargó dos imágenes de la Virgen para que recibieran culto en el templo y en el Humilladero que cobijaba la Fuente Santa, que enseguida se comenzaron a edificar para acoger a las miles de personas que llegaban en busca de curación o del consuelo de la fe. Entre ellas, en 1455, la de la Reina Doña María, esposa de Alfonso V de Aragón, que curada de una hidropesía donó dinero y valiosas joyas para la edificación de una hospedería para enfermos pobres y una capellanía.
En torno a 1450 se edificó el primer templo, primitiva ermita, del que se conserva el arco ojival de una puerta, que pronto se quedó pequeño para acoger a los numerosos devotos. Por esta razón, entre 1473-1476 se construyó el actual santuario de estilo gótico mudéjar. Al paso de los siglos ha sufrido obras de mantenimiento, debido a los daños causados por las inundaciones provocadas por las crecidas del río, y reedificaciones de acuerdo con criterios de la época. Por ejemplo, las llevadas a cabo en la segunda mitad del XVII (adición de una crujía a los pies de la iglesia, incorporación de bóvedas y decoración barroca, alzamiento de la actual portada, etc.), la construcción de la nueva escalera de acceso al camarín en el XVIII, a finales del XIX y comienzos del XX con la decoración y reformas de la galería de los milagros y sacristía, y a partir de 1976, tras su erección como Parroquia, en la que se eliminaron los añadidos barrocos devolviéndole un pretendido, aunque no logrado, aspecto primitivo.
Simultáneamente al primer templo se levantó un Humilladero en el lugar de la aparición de la Virgen y donde brotaba la Fuente Santa, a la que se dotó de un brocal para facilitar la recogida del agua. El pueblo pasó a denominar a la Virgen bajo la advocación de Fuensanta, y al pozo como “Pocito Milagroso”, o simplemente “el Pocito”. Sus reducidas dimensiones y el mal estado en que se encontraba determinó al Cabildo-Catedral a edificar, sobre el anterior, el actual Humilladero en torno a 1493. Su conservación ha requerido intervenciones como las acometidas a finales del XIX (a ella corresponde el actual brocal, obra de Mateo Inurria), en 1976 y entre 2011-2012. El Humilladero es la única obra ojival sin añadidos que se conserva en Córdoba y un interesante ejemplo de capilla abierta.
La historia de Córdoba está indeleblemente unida a Ntra. Sra. de la Fuensanta, “copatrona” de la ciudad hasta 1994, en que San Juan Pablo II, en el Decreto de su Coronación Canónica, le confirió el título de Patrona, sin demérito de los patrones de toda la diócesis cordobesa, San Acisclo y Santa Victoria. En los momentos de desgracia los cordobeses siempre han acudido en busca del auxilio de la Virgen, y en los de alegría a mostrarle su gratitud. Numerosas han sido sus salidas procesionales y visitas a la Catedral a lo largo de los siglos entre el fervor de los cordobeses: en rogativa para pedir el cese de sequías y epidemias, en celebraciones conmemorativas (Año Mariano de 1988, Año Jubilar de 2002, Magna Mariana "Regina Mater” en 2015, etc.), y para su Coronación Pontificia en 1994. Desde 2014, la tarde del 6 de Septiembre es llevada a la Catedral en rosario vespertino, acompañada por los grupos jóvenes de las cofradías cordobesas y la delegación diocesana de Juventud. En la noche del día siguiente, tras una solemne misa en su honor, regresa a su Santuario. El día 8, festividad de Ntra. Sra. de la Fuensanta, miles de cordobeses acuden a él para rezarle a la Virgen, pudiendo llevarse botellitas del “agua milagrosa” que se saca del Pocito tras ser bendecida. Hoy día no es bebible, como lo fue hasta la década de los años 40 del siglo pasado, en que era muy frecuente traer a los enfermos, o llevársela, para beberla.
A pesar de que durante la Guerra de la Independencia los invasores franceses, al mando del General Dupont, saquearon el Santuario expoliando cuanto tenía de valor, aún atesora una importante colección de pinturas, esculturas y enseres. Esto, junto al valor arquitectónico del Humilladero, el templo y el camarín, determinaron a la Junta de Andalucía, en 2007, a declarar al Santuario de Ntra. Sra. de la Fuensanta 'Bien de Interés Cultural', en la categoría de Monumento.